Naruto Uzumaki è tornato! Dopo due anni e mezzo di allenamento sulla strada con Jiraiya dei Sannin, Naruto è tornato al Villaggio Nascosto tra le Foglie, ed è pronto a mostrare le sue nuove abilità. Lui e Sakura fanno squadra per affrontare il loro vecchio maestro Kakashi, che è piuttosto impressionato dai loro progressi. Avranno molte occasioni per metterlo in pratica quando dal Villaggio della Sabbia arriva la notizia che Gaara, l'ex rivale di Naruto e ora Kazekage della Sabbia, è stato rapito! E i colpevoli sono lo stesso gruppo che sta dando la caccia a Naruto: l'Akatsuki!