Basato su un romanzo di Kotaro Isaka, 'Fish Story' intreccia diverse trame apparentemente separate che si svolgono in diversi punti nel tempo nell'arco di 37 anni per spiegare come una canzone punk rock poco conosciuta possa salvare il mondo.

Nel 1975, un gruppo punk giapponese impopolare chiamato "Gekirin" (Wrath) inizia a lavorare al suo terzo album. Sfortunatamente il gruppo è un po' in anticipo sui tempi; il punk non sarà commerciabile fino al debutto dei Sex Pistols nel Regno Unito l'anno successivo. A causa delle vendite inesistenti, la loro casa discografica decide di abbandonarli e si sciolgono poco dopo aver registrato la loro ultima canzone: "Storia di pesci".

Nel 1982 un timido studente universitario di nome Masashi (Gaku Hamada) rimane affascinato da strane voci che circondano la canzone. A quanto pare, a un certo punto della registrazione c'è un breve interludio in cui si può sentire una donna urlare. Più tardi, incontra ad una festa una donna misteriosa che inspiegabilmente gli predice che un giorno salverà il mondo.

Nel 2009 un'adolescente di nome Asami (Mikako Tabe) si addormenta durante una gita scolastica e viene abbandonata su una barca. Inizialmente sconvolta, alla fine viene consolata da un cuoco gentile. Improvvisamente, degli uomini armati fanno irruzione e tentano un furto alla barca.

Nel 2012 un'enorme cometa può essere vista nel cielo su un percorso per distruggere la Terra. Gli Stati Uniti hanno fallito nel loro tentativo di farla saltare in aria e a sole 5 ore dall'impatto, tutte le principali strade della città sono completamente abbandonate. Cioè, tranne che per un negozio di dischi che continua a fare affari come al solito. All'interno del negozio, si può sentire "Fish Story" suonare su un vecchio giradischi..